一度、書いたことだが、非常に重要なことなのであらためて書き留めておくことにした。それはSTAP細胞もキメラもSTAP幹細胞もFI幹細胞も全てあったということについてだ。

    作られた順番はSTAP細胞、キメラ、STAP幹細胞(キメラと同時)、最後にFI幹細胞という順である。そして、最後に出来たFI幹細胞はES細胞とTS細胞の両方の性質を持ち、今まで知られていない幹細胞の特質を持っているとされた。

    ES細胞とこのSTAP細胞を、ゲノムのたくさんの遺伝子の遺伝子発現パターン解析をしたときに、これが混ざり物であるとか、ES細胞そのものであれば、簡単に今、それが分かるだけの研究、解析技術がありますが、そうしたものでは一切、説明が出来ないような違いがあります。それは、知られている細胞の何かと似てるわけではないので、STAP細胞として僕らが呼んでいるものは、今まで知られている細胞でないことだけは確かです。

    これは、笹井氏が2014年4月7日の記者会見で、STAP細胞について発言したものである。STAP細胞は保存がきかないので現物はないが、FI幹細胞はちゃんと保存されているので、「STAP細胞はない、ES細胞だ」というのであれば、FI幹細胞の遺伝子発現パターンを調べES細胞と同じでしたと言えばよかった。しかし、調査委員会はただゲノムを解析しているだけで、FI幹細胞の遺伝子発現パターンは調べていない。

    調査委員会が調べたFI幹細胞はCTSという細胞株でゲノム解析した結果、FI幹細胞CTSはFES1由来であるとしている。他に調べたFI幹細胞には公共データベースに登録されたChIP-seqデータとRNA-seqデータがある。公共データベースは実験中に持ち込んだ生データが登録されたもので、ChIP-seqデータは「129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP」であり、RNA-seqデータは「B6 Oct4-GFP+α(アルファ)」とゲノム解析されている。

    α(アルファ)の部分だが、このFI幹細胞について調査報告書は次のように書いている。

    大多数のアレルはB6ゲノム配列と一致するのに対して、5-10%程度のアレル頻度をもつSNPs箇所が多く認められる。これは大部分のRNA-seqがB6ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持った細胞から取得されたRNA-seqサンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっているいると考えられるRNA-seqデータが示すSNPs分布はTS細胞のRNA-seqデータ(CD1系統)と酷似している)。

    RNA-seqでは遺伝子発現時にDNAから転写されるmRNAの配列と量を解読し、その遺伝子の発現量を定量的に調べることができる。また、DNAの塩基配列の特定の箇所には、その塩基を調べればマウスの系統が分かるSNP(一塩基多型)が存在する。遺伝子を発現するDNA領域にSNPを含んでいるものがあり、転写されたmRNAのその箇所を調べると、どのマウス系統からどのくらいの量の遺伝子が発現しているかを知ることができる。

    遠藤氏はSNPを使って、公共データベースに登録されたFI幹細胞のRNA-seqデータを解析した論文を投稿している。下の図は、遠藤氏の論文の図に解説を加えたものである。遠藤氏は対比のため、同じく公共データベースに登録されていたES細胞の解析も載せている。

    FI幹細胞の証拠

    まず、ES細胞で特異的に発現する遺伝子Sall4とKlf4であるが、一番上のSNP(ID=rs33341561)の塩基はC(シトシン)とT(チミン)があり、B6系はCで非B6系はTである。発現量としてはB6系と非B6系でそれぞれ同等(面積比がほぼ同じ)に発現している。これはES細胞が129B6F1マウスだからである。129系DNAからのmRNAとB6系DNAからのmRNAがそれぞれ同等に発現していることになる。一方、FI幹細胞の方では全てB6なので、発現しているのはB6ホモの細胞であることになる。

    TS細胞で特異的に発現する遺伝子Elf5とSox21については129B6F1のES細胞については、一つを除いて発現していない。この遺伝子はES細胞では発現しない遺伝子だと分かる。一方、FI幹細胞は、B6系と非B6系がそれぞれ発現している。ES細胞なら発現しないはずだから、CD1がB6とのF1だったという可能性が考えられる。しかし、CD1B6F1であれば、それぞれの発現量は同じになるはずだが、各発現量をみるとバラバラである。従って、これはCD1ホモとB6ホモがそれぞれ発現していることになる。すると、B6ホモの細胞はES細胞の特異的遺伝子とTS細胞の特異的遺伝子をどちらも発現していることになる。この遺伝子発現パターンはFI幹細胞に他ならないということになる。

    調査委員会が論文に書かれていたが見つからなかったとした、Oct4-GFPのB6ホモのFI幹細胞が公共データベースに登録されていたのである。

    最後に出来たFI幹細胞があったということは、STAP細胞もキメラもSTAP幹細胞もあったということになる。STAP細胞からキメラができ、その胎盤が光ったことからSTAP細胞が胎盤にも寄与することが分かった。そして、STAP幹細胞が出来ていたことから、STAP細胞でTS細胞も作れるだろうと思い、FI幹細胞を作ったということになるだろう。



    2017.03.09 Thu l STAP細胞事件 l コメント (5) トラックバック (0) l top
    明らかにはなっていないが、盗まれたと分かる(犯人によって置かれた)ES細胞は、No.117の「129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05」である。これについて小保方氏は「全くわからない」とコメントしている。「ICSI」はIntracytoplasmic Sperm Injection(顕微授精)の略である。129メスの卵細胞にB6オスの精子を顕微授精して作ったES細胞で、4回継代し2005年3月17日に凍結した細胞株ということになるだろう。

    2005年3月8日、大田氏は「Generation of Normal Progeny by Intracytoplasmic Sperm Injection Following Grafting of Testicular Tissue from Cloned Mice That Died Postnatally」という題の論文を投稿している。使用した129マウスは129+Terで、B6は岡部マウス(Acr/CAG-GFP)である。このES細胞は大田氏が作ったもので、共著者の若山氏が保管していたES細胞だと思われる。従って、このES細胞には小保方氏が大田氏のES細胞FES1を盗んでもおかしくないという犯人のメッセージが込められていると思う。

    このES細胞があれば、小保方氏が留学生のES細胞を自分の研究室に運び込まなくてもよい。犯人は留学生のES細胞がそのまま冷凍庫に残される可能性を考え、ちゃんと手は打ってあったということだ。

    凍結日からして小保方氏のものでないのはすぐ分かるし、129B6F1のES細胞であることも分かる。調査委員会がFLSに混入したES細胞を調べるなら、「129/GFP ES」ではなくまず、これを調べるのが筋だろう。しかし、調査委員会の報告書にこの細胞株の名前はない。調べたのはラベルでは129B6F1と分からない「129/GFP ES」である。細胞株を調べるにあたって調査チームは若山研に問い合わせたはずで、その結果、「129/GFP ES」の方を調べたということになる。

    「129B6 ICSI P4 ES1 3/17/05」を調べたなら、小保方氏を捏造犯としたい犯人にとっては、かなり都合の悪いものになった。若山氏が129B6F1のES細胞を持っていたこと、それが小保方氏の箱から見つかったことが表面化する。このES細胞はSTAP細胞とは無関係なので、小保方氏が使ったわけではなく、若山氏が小保方氏に罪を着せているようにも見えてしまう。また、若山研に保存されていた2005年3月17日のES細胞の129マウスが129+Terと分かり、同時期に作られたFES1が果たして本当に129X1だったのか疑わしくなってしまう。

    このES細胞が、石川氏の刑事告発の対象から外れているのも同じ理由で、若山氏を表に出したくなかったからだろう。告発しようとする石川氏にとても、この細胞の存在を教えることはできなかったと思われる。

    STAP論文疑惑が持ち上がってなお、小保方氏の箱にこの不都合なES細胞が存在したのは小保方氏、若山氏どちらにとっても無実を証明しているものと思うが、理研有志はこのことを知って、小保方氏がES混入犯に間違いないと思っただろう。理研の内部情報がマスコミにリークされ始めたのは、このES細胞を知ったことが切っ掛けではないだろうか。同じものを見ても受け手によって受取り方が180度違ってしまうのである。

    2017.03.07 Tue l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    下の写真は小保方氏が盗んだとされた留学生のES細胞である。箱は縦横9列で81本のチューブが格納できるようになっている。留学生のES細胞は保存リストで明かなように、よく整理されている。2本1組で40組のチューブがあったと思われ、そのうち2本のチューブが抜き取られている。

    Li-BOX.png

    留学生のES細胞が小保方研にあったのは、犯人がES細胞を小保方研に持ち込んだからである。「ほら、ここに盗んだES細胞がありますよ」というためである。しかし、実際に犯人がそれを持ち込んだわけではない。小保方氏自身が持ち込むように仕向けただけである。

    若山研が山梨大へ移転したとき、小保方研にはまだ研究室がなく笹井研に間借りしていた。笹井研にいた小保方氏は若山研の引越しの日を知らなかった、というか小保方氏にはわざと教えていなかった。小保方氏が引越しの手伝いに来なかったという週刊誌ネタはそこから生まれているはずだ。若山研が引越した後、小保方氏は週末に冷凍庫の電気が消されることを知った。慌てて見に行くと、自分のものと留学生の箱が残っていた。そこでとりあえず、それらを笹井研に運んだのである。もし、そのとき他の人の試料が残っているか、まだ誰かが若山研に残っていたなら、小保方氏は留学生の箱を運ばなくてもよかったのである。

    小保方が引っ越しのどさくさに若山の所から盗んだ細胞が箱ごと発見されたことも公表しろよ。 丹羽のTSもたくさん出てきただろ。

    これは6月18日に投稿されたオホホポエムの一部である。2014年3月18日、CDBセンター長の指示で小保方研の試料の保全措置がとられている。保全された後は試料の確認が行われているはずで、このとき留学生の大量のES細胞が見つかっているはずである。

    しかし、当時のオホホポエムはこのことには触れていない。この時点では、残してきた留学生のES細胞が小保方研にあるかどうかを知らなかったのである。投稿が6月になったのは、理研が小保方研の試料の帰属を確認するため、山梨大に保存リストを送ったからである。そこではじめて、自分の思い通りに小保方研で保管されていることを知ったのである。オホホポエムの作者は山梨大にいたのである。

    さて、石川氏による刑事告発は留学生のES細胞78本と若山夫人のES細胞2本の盗難に対するものであった。しかし、盗まれたES細胞はそれだけではない。もちろん、犯人の仕業であるが、明らかに盗まれたと分かる別のES細胞が小保方氏の箱の中にある。そして、それは盗まれたと分かるES細胞であるにも関わらず、不思議なことに石川氏の告発の対象にはなっていないのである。


    2017.03.02 Thu l STAP細胞事件 l コメント (8) トラックバック (0) l top
    STAP論文が発表された直後、「SpermEgg Journal Club」という掲示板にそれを見た「べ」氏が驚きのコメントを寄せていた。そのコメントに「Cumulina」氏が次のように返信している。内容からしてこの人は若山氏に違いない。

    No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
    べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。


    下線の部分だが、なかなか樹立できなかった細胞とはSTAP幹細胞のことだと思われる。内容からするとSTAP幹細胞はキメラ胚から作られたことになる。初期胚にSTAP細胞を注入してキメラ胚を作り、その後、胚盤胞の内部細胞塊を取り出して作ったのだろう。これはクローン胚から核移植ES細胞を作る方法と同じである。

    最初のSTAP幹細胞が出来たときの状況が「あの日」に次のように書かれている。

    ある日いつも通りスフェアを渡すと、「これまではスフェアをバラバラの細胞にしてから初期胚に注入していたが、今日からはマイクロナイフで切って小さくした細胞塊を初期胚に注入してキメラマウスを作ることにした」とおっしゃった。それから10日後、若山先生からキメラができたと連絡を受けた。その上、残りの細胞をES細胞樹立用の培養液で培養したらES細胞様に増えだしたと報告された。毎日、スフェア細胞を培養し観察していた私は、細胞が増える気配すら感じたことがなかったので大変驚いた。「特殊な手技を使って作製しているから、僕がいなければなかなか再現がとれないよ。世界はなかなか追いついてこられないはず」と若山先生は笑顔で話していた。

    キメラ胚から作ったとすると、キメラが出来たと同時にSTAP幹細胞が出来たこともうなづける。「特殊な手技」とは4N(4倍体胚)キメラに関するものだろう。

    2つの2倍体胚(2N)を電気融合させると4倍体胚になる。4倍体胚由来の細胞は胎盤になるが胎仔にはならない。この性質を利用し、4倍体胚にES細胞を注入してキメラ胚を作ると、その胎仔は全てES細胞由来となる。ES細胞の代わりにSTAP細胞を注入するとSTAPキメラ胚となり、そのキメラ胚を仮親の子宮に移さず、そのまま胚盤胞の内部細胞塊を取り出して培養するとSTAP幹細胞になったということではないか。

    これを2Nキメラ胚で行うと内部細胞塊にはホストの細胞も混じってしまうので、後でソートしてSTAP幹細胞だけを取り出さなければならないが、STAP細胞にはGFP遺伝子を組み込んであるので、後で選別して取り出すことは可能だろう。このため、2Nキメラ胚ではSTAP細胞とホストの細胞を同時にES細胞化(共培養)するという話になる。事情を知らないものがこの作業をみれば、STAP幹細胞をES細胞を混ぜて作ったと思うかもしれない。

    木星通信氏が公開した小保方氏の保存リストのNo.41から51にSTAP幹細胞FLBという細胞株があり、ところどころの細胞株が4Nと書かれている。4Nは4Nキメラ胚で作られたもの、書いてないのが2Nキメラ胚で作られたSTAP幹細胞ではないだろうか。4Nでもソートをしているところをみると、4Nキメラでも100%STAP幹細胞にはならないのかも知れない。

    「途中から直接簡単に樹立できるようになり」とあるのはキメラ胚(in vivo(生体内))でなくてもSTAP細胞からin vitro (試験管内)で直接、STAP幹細胞を樹立できるようになったということだろう。同じく木星通信氏が公開した山梨大への移管書をみるとFLS-1はFLBと同じ2012年1月31日に作られている。FLBはF1 Lymphocyte(リンパ球) Blastocyst (胚盤胞)であるがFLS-1はF1 Lymphocyte Sphere(スフェア) で、「No. used STAP cell」欄は「Chimera embryos(キメラ胚)」ではなく「2 STAP/Well」で ある。FLSはSTAP細胞から直接、幹細胞化したSTAP幹細胞だったと思われる。


    2017.02.22 Wed l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    事件の解明には、多くのピースから事件の核となるピースを正しく選ぶ必要がある。それを間違えると真相にはたどり着けない。桂調査委員会は「酷似のES細胞がある」をピースの核にして間違えたのである。しかし、核になるピースを選ぶのは意外とやさしい。どうしてそのようなピースがあるのか考え込んでしまうようなピースが核になる。従って、探し出すより、そこからその理由(完成図)を考える方が難しい。完成図が出来たら全てのピースが埋まるかどうかを試していく。

    「STAP細胞事件」の場合はなんといっても、⑥のSTAP幹細胞FLSと酷似のES細胞「129/GFP ES」が小保方氏所有のボックスにあったというピースである。

    「129/GFP ES」は小保方氏の着任1年前に若山研から引き上げられ、当時の若山研にはなかったはずのES細胞である。それが何故か小保方氏所有のボックスから見つかっている。そして、それはSTAP幹細胞FLSと酷似のアクロシンGFPが入った非常に特殊なES細胞であり、調査委員会の調査では若山研のスタッフをはじめ、みんなが知らないと言ったES細胞であった。

    そこから描ける絵は「混入偽装」である。小保方氏がES細胞を使ってSTAP細胞を捏造したと言いたいために、小保方氏のボックスに置いたと考えられる。犯人は小保方氏のすぐそばにいて、STAP幹細胞を自分の目でみているはずである。だからES細胞による「混入偽装」を思いついたのである。

    これを前提にすれば、STAP細胞は実在していたことになる。論文とは違うSTAP関連細胞株やキメラは別のマウスから実際に作られていたことになる。すると、①若山、笹井、丹羽氏のSTAP細胞はあるとする発言や②ライブセルイメージング⑤若山氏が51%の特許の持ち分を主張したピースを埋めることができる。そして混入(すり替え)ピースが見つからない理由も明らかだ。

    ここで、⑥STAP関連細胞株と酷似のES細胞があるという桂調査委員会の調査結果はSTAP細胞が実在してもなんの矛盾もない。何故なら、調査委員会が混入した(すり替えられた)というES細胞が実はSTAP細胞そのものだったというだけだからである。

    また、このことは酷似のES細胞が犯人によって作られたことを意味している。酷似のES細胞とはSTAP幹細胞そのものである。出来たSTAP幹細胞にESというラベルを貼っただけである。見た目全く同じで、培養方法が同じときたら区別が付かない。これにより⑥STAP関連細胞株と酷似のES細胞があるという調査結果のピースも「混入偽装」の絵に埋め込むことができる。これで残りは③、④、⑦、⑧、⑨である。

    「混入偽装」であれば④の留学生が作った大量のES細胞が小保方研から見つかったことも容易に説明できる。これは小保方氏がES細胞を盗んでいたと世間に思わせるためである。

    また、③のオホホポエムも小保方氏に疑いを向ける仕掛けであることが分かる。④を暴露したのもオホホポエムであった。

    ⑨については、石川氏が自分の意志で告発したものだが、小保方氏がES細胞「129/GFP ES」を盗んでSTAP細胞をねつ造したとする内容は、まさに犯人が目論んだ「混入偽装」そのものであった。これは犯人にとって願ってもないことだったが、また、大きな誤算もあった。石川氏が告発の内容と経緯を週刊誌等で明らかにしたので、若山研スタッフの積極的な関与が明らかになったからである。犯人はさぞ慌てたことだろうと思う。

    最後に残った⑦と⑧であるが、3月に入って若山氏の態度が一変したのは、現存するSTAP幹細胞が違うマウスから作られていることが分かったからである。若山氏はSTAP細胞を何度も見ており、自分でも一から作っているので、その瞬間、マウスのコンタミだと思ったはずである。

    世間では、既に小保方バッシングが始まっていたから、今度はマウスのコンタミで、それが自分に向かうのを恐れ、論文撤回のため、STAP細胞の存在を否定しなければならなかったのである。若山氏が再現実験に参加しなかったのは、キメラを作るとマウスのコンタミが明らかになるので、キメラは作れない。再現実験に参加する意味がなかったからである。

    当初、あれだけマスコミに情報発信していた若山氏が現在、沈黙を続けているのは「混入偽装」とその犯人の存在に気付いたからだと思う。おそらく、論文撤回を言い出したころにはまだ、気づいてなかっただろう。若山氏が気づいたのはSTAP幹細胞FLSが若山研の岡部マウスから作られていると分かった後だろうと思う。

    以上、主だった9つのピースは全て「混入偽装」という絵の中に埋め込むことが出来る。

    2017.01.30 Mon l STAP細胞事件 l コメント (4) トラックバック (0) l top