小保方氏が公共データベースに登録していたSTAP細胞とFI幹細胞のデータがTs.Marker氏によって公開されたことを書いた。

    公開されたSTAP細胞(RNA-seqデータ)にはSox21というES細胞では発現しない遺伝子の発現がみられた。このSox21はTS細胞で特異的に発現する遺伝子として知られており、これでES細胞ではない細胞であることが分かった。この細胞を小保方氏らはSTAP細胞と呼んだのである。

    一方、FI幹細胞(ChIP-seqデータ)はES細胞とTS細胞の両方の特異遺伝子の発現がみられた。別のFI幹細胞のデータ(RNA-seqデータ)は2種類の細胞種からなると調査委員会は解析していたが、これについてはそのような記述はない。このFI幹細胞にはinputデータがあるので全ゲノムを調べられる。RNA-seqでも分かったのだから、別の細胞種が少しでも混ざっていればすぐ分かるはずで、従って、これは混じりっけなしの細胞種だったのである。そこからES細胞、TS細胞の特異遺伝子が発現していたとすれば、これは紛れもないFI幹細胞だったことになる。

    この2つのデータから、Sox21の発現がみられるSTAP細胞を、ある培地で培養して増殖性を持ったFI幹細胞を作ったというのは素人目にも分かる。小保方氏がSTAP細胞を作り、その細胞をもとに若山氏がFI幹細胞を作ったのは明らかだ。それ以外にこれらの事実を矛盾なく説明できるものはないだろうと思う。

    この2つのデータは小保方氏のSTAP細胞捏造疑惑を晴らすとともに若山氏への疑惑も晴らしているといえる。FI幹細胞が出来ているなら、キメラもSTAP幹細胞も作られていただろうことは容易に想像がつく。若山氏がそのために試料を捏造することはあり得ない。

    では、STAP細胞、キメラ、STAP幹細胞、FI幹細胞があったとすれば、何故、それらの細胞株が論文とは異なったのだろうか。そして、何故、その異なった細胞株と酷似のES細胞があったのかということになる。「STAP細胞事件」は論文不正といった問題ではない。ここに「STAP細胞事件」の本質が隠れているのである。この事実に注目すべきである。

    関連記事
    スポンサーサイト
    2017.07.13 Thu l STAP細胞事件 l コメント (8) トラックバック (0) l top

    コメント

    No title
    私は小保方STAP細胞核を使ったntESだと思っています。でもその根拠の検討に入る前にこの日程をご確認願いたい。
    ①10/1 GOF赤ちゃん手渡し
    ②10/7 GOFSTAP樹立→10/7 キメラ胚移植→10/8 仮親移植→10/28 キメラマウス誕生失敗確認
    ③10/7 GOFSTAP核抜き移植→10/11 桑実胚フィーダー上播種→10/14 継代増殖開始
    ④10/28 F1赤ちゃん手渡し
    ⑤11/3 キメラ胚移植→11/4 仮親移植→11/14 10日キメラ胎児帝王切開誕生失敗確認
    ⑤11/3 F1STAP核抜き移植→11/7 桑実胚フィーダー上播種→11/10 継代増殖開始
    ⑥11/15 F1STAPナイフ切り分けキメラ胚移植→11/16 仮親移植→ 11/26 10日キメラ胎児帝王切開誕生成功確認
    ⑦11/15 F1ntESキメラ胚移植→11/16 仮親移植→ 11/26 10日キメラ胎児帝王切開誕生成功確認(11/28撮影4Nキメラ)
    ⑧11/15 F1ntESキメラ胚移植→11/19 桑実胚フィーダー上播種→11/22 継代増殖開始
    ⑨11/25 GOFntESキメラ胚移植(GL樹立開始)

    勿論日付は相対的なものです。ES造りの日程は良くは知らないんですが、どうでしょうか。ご意見をお聞かせ願いたい。
    2017.07.19 Wed l 閲覧者. URL l 編集
    Re: No title
    ①GLSは間違いでGLです。
    ②GLのMouse strainはBOFなのでBOF-ESと同じ系統だと言えます。
    ③GLの樹立日2011/11/25が細胞株培養開始日だというのは見落としてました。細胞株培養開始日ならキメラ胚を作った5日後ということになるでしょう。
    ④2011/11/28のキメラ撮影は9.5日胚ですね。
    するとGL(B6)と129B6キメラは同時進行だったことになるでしょう。129B6系のFLSとB6系のGLSが同じ2012/1/31に作られたのと同じです。同時進行させることでB6の初期化状態と見比べながら光らない129B6をコントロールしてたのでしょうか。GLのSTAP幹細胞の樹立日が中途半端だと思っていたんですが、これですっきりしました。
    2017.07.19 Wed l wamoga. URL l 編集
    No title
    これから何らかの共有結論に到れるか否かはわかりませんが、取り敢えず事実関係の確認をお願いします。
    ①GLSは間違いでGLですね。
    ②GLは桂報告の検証は受けて居ませんね。従ってどんなESが使われたのか、使われなかったのかは推測以外には何も言えません。
    ③樹立日は桂報告の記載は注にある通り、樹立開始日です。キメラ胚を作った日です。このことは若山さんの持ち出しリストと桂報告の樹立日が「僕のマウス」ESを除いて一致していることで判断できます。持ち出しリストのGLの樹立日2011/11/25は培養開始日ですね。
    ④それに対して2011/11/28のキメラ撮影は胎児の確認された日です。
    私はこの11/28と11/25のタイムラグ等についてもあなたと話合いたいんですけど、上記は単純な事実関係認識なので先に確認をお願いします。

    2017.07.17 Mon l 閲覧者. URL l 編集
    Re: No title
    質問の意味は10月頃からSTAP実験が本格化したとすると、どう早くても最初のキメラとSTAP幹細胞ができるのは11月末になる。「混入偽装」だとその間に最初のキメラとSTAP幹細胞ができたとしているので時間的には無理だという意味に受け取っています。
    まず、この10月頃というのは小保方氏の記憶違いではないかと思います。若山氏が「動物実験承認申請書」を提出したのは9月9日なので、若山氏がSTAP実験を本格的化させたのはこの辺りだと思います。あと、若山氏が今日からマイクロナイフで切って入れようと思いついたのは、キメラの結果を見た後ではない可能性があります。「②何度か試す移植に3日」の3日間のある日、突然閃いた可能性があります。この場合、最初のキメラとSTAP幹細胞が出来るのは20日程早まります。
    若山氏は最初のキメラ、STAP幹細胞を作ったときには対応するES細胞はなかったと言っています。STAP幹細胞GLSの樹立は11月25日ですが、これには対応するGOF-ESがありますので、最初の129B6F1のキメラ、STAP幹細胞は11月25日以前に出来ていることになります。
    2017.07.17 Mon l wamoga. URL l 編集
    No title
    私の質問の意味が分かりにくかったかも知れませんので追加します。
    私が問題にしているのは、あなたのキメラ成功に到る経緯理解がフローチャート<STAP細胞実験の流れ>にある通りだと、約22日の時間的ゆとりがあって、最初の成功キメラの樹立時期に誤解があると思っています。
    あなたの<「STAP細胞事件」-テラトーマの怪>からの引用です。
    >>
    12月27日の実験ノートはNo2から始まっていて、No1がない。このNoは免疫不全マウスの通し番号だと思われる。No1(マウスの識別では「左カット」になるだろう)は、おそらく、STAP幹細胞を使ってのテラトーマの実験に使われるものだったのではないだろうか。
    このテラトーマの移植前には4Nキメラが作られている。2011年11月28日に撮影された4Nキメラは129B6F1マウスのSTAP細胞から作られたものである。最初のSTAP幹細胞がそうであったように、キメラを作った残りのSTAP細胞で、STAP幹細胞が作られている可能性があるのだ。このときのB6マウスはアクロシンGFPを持った岡部マウスであり、このSTAP幹細胞を使って、若山研ではNo1にテラトーマを作っていたのではないだろうか。STAP幹細胞であればES細胞と同様に増殖するので、この移植作業は小保方氏でなくても出来る。

    <最初のSTAP幹細胞>が4Nキメラだとしたらあなたのストーリー構成は変わりませんか。最初からF1はアクロシン入りではありませんか。
    2017.07.16 Sun l 閲覧者. URL l 編集
    No title
    手記89Pの「2011年10月頃には、」から91Pの「世間はなかなか追いついてこられないはず」と若山先生は笑顔で話していた。」というところまで、日程のご確認をお願いします。
    ①マウスを渡されてからSTAP細胞完成まで7日。
    ②何度か試す移植に3日
    ③安定に1日
    ④仮親に戻して10日胎児になるまで10日
    ⑤帝王切開に1日
    計22日
    最初GOFで失敗したので、今度はF1で一からやり直してまた失敗したから44日経過した後に、直後にナイフ切り分けでやって今度は既に同じF1のSTAPが
    準備されている段階で②から1日でやり直して計13日を追加すると57日経過した時点で最初のキメラ胎児が光ったことになる。10月頃に良く光るようになったとねと若山さんに言われてから始めたのでSTAP作成開始を2011/10/1とするとその57日後は2011/11/26になります。

    どう思われますか。
    2017.07.15 Sat l 閲覧者. URL l 編集
    Re: No title
    混入偽装だからこそ、論文とは違う系統になるんです。
    混入偽装をしようとすると、既にその系統のES細胞が若山研にないといけない。小保方氏はES細胞を作れないので、このES細胞を使って捏造したというためです。例えば、若山氏が市販129X1マウス×若山B6マウスでSTAP細胞を作らせようとすると、129B6F1 CAG-GFPヘテロのSTAP細胞が出来ますが、この系統のES細胞は若山研にはない。それでは困るから、マウスを既存のES細胞に合うように若山B6マウスを岡部B6マウスにすり替えることになります。従って、論文に書かれた129B6F1 CAG-GFPヘテロとは違う129B6F1 Acr/CAG-GFPヘテロのSTAP関連細胞ができることになります。
    2017.07.14 Fri l wamoga. URL l 編集
    No title
    「混入偽装事件」へ?
    ううん、違うのではないですか?
    論文と異なったことは混入偽装とは違うのではないですか?
    小保方さんへの説明偽装でしょう?

    この事件で信頼できるのはハーバードでのテラトーマライクまでです。
    それ以後はすべて信頼できません。
    日本での全てが信頼できません。

    2017.07.14 Fri l 金髪美女. URL l 編集

    コメントの投稿












    トラックバック

    トラックバック URL
    http://wamoga.blog.fc2.com/tb.php/155-7954cbac
    この記事にトラックバックする(FC2ブログユーザー)