Ts.Markerブログの5月10日の記事は「STAP細胞はES細胞由来」を否定するものだったが、7月5日の記事はFI幹細胞の存在を証明するものである。

    小保方氏が登録した公共データベースにはFI幹細胞に関するデータが2種類あり、ひとつはRNA-seqデータで、もうひとつはChIP-seqデータである。

    RNA-seqデータはFI幹細胞の遺伝子の発現が分かるデータであるが、桂調査委員会はそのことには触れていない。代わりにゲノムの配列を調べ、Oct4-GFPが挿入されたB6ホモ系統にCD1(TS細胞が作られた)と思われる2種類の細胞腫を含んだサンプルだと解析している。

    このため、FI幹細胞でES細胞とTS細胞の特異遺伝子が発現したのは、ES細胞とTS細胞が混ざっていたからだとみんなは理解したのである。

    一方、もうひとつのChIP-seqデータも遺伝子の転写制御因子(H3K4me3は転写活性化因子、H3K27me3は転写抑制因子)でどの遺伝子座が発現しているかが分かるが、そのことには触れず、ゲノムの配列により129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPの細胞種だと解析しES細胞129B6F1 ES1とほぼ同一であるとしていた。

    そこで、Ts.Marker氏は他の細胞が混ざっていないこのChIP-seqデータに目を付け、ダウンロードし解析ソフトにかけたのである。

    その結果、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したFI幹細胞のChIP-seqデータからES細胞特異遺伝子とTS細胞特異遺伝子の両方の発現を確認し、FI幹細胞の存在を証明したのである。

    FI-SC_Chip-seq.png


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    2017.07.11 Tue l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top

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