Ts.Marker氏のブログを久しぶりに覘いたら、とんでもないデータを載せてあった。桂調査委員会の「STAP細胞はES細胞由来」という結論が一発で吹き飛ぶデータだ。

    この記事が投稿されたのは5月10日だから、もう2ヵ月近くネットの片隅に眠っていたことになる。このまま眠らせておくわけにはいかないので、以下、勝手に解釈したものを記事にすることにした。

    Sox21.png

    このデータはSox21(ES細胞で発現するSox2とは別物)の遺伝子発現データである。三段になっているのは、上段がTS細胞、中段がSTAP細胞で下段がES細胞である。

    このデータの左に書かれた「SRR117590.bam」等を頼りに調べると、元データは遺伝子の発現量を調べるためのRNA-seqデータで、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したものであった。TS細胞はCD1マウス、STAP細胞はOct3/4-GFPのB6×129/svマウス(この種の細胞株は論文には書かれていない)、ES細胞はB6×129/svマウスから作られていた。

    Ts.Marker氏がこの登録データをダウンロードして、遺伝子解析ソフトで画面上にマッピングしたのである。

    Sox21というのはTS細胞特異遺伝子でES細胞では発現しない。以前、遠藤論文にもFI幹細胞がTS細胞とES細胞の混ざりものであるとする論文の指標にもTS細胞特異遺伝子として使われていた。

    解析データをみるとSox21はTS細胞では発現するがES細胞では発現していない。では、STAP細胞はというとTS細胞と同様に発現している。持ち込まれた細胞株がSox21を発現するなら、それはとりもなおさずES細胞ではないということになり、「STAP細胞はES細胞由来」を完全に否定することになる。

    Ts.Marker氏は、生前、笹井氏が記者会見で次のように話していたことを実際に見せてくれたことになる。

    ES細胞とこのSTAP細胞を、ゲノムのたくさんの遺伝子の遺伝子発現パターン解析をしたときに、これが混ざり物であるとか、ES細胞そのものであれば、簡単に今、それが分かるだけの研究、解析技術がありますが、そうしたものでは一切、説明が出来ないような違いがあります。それは、知られている細胞の何かと似てるわけではないので、STAP細胞として僕らが呼んでいるものは、今まで知られている細胞でないことだけは確かです。


             20:30秒から

    桂調査委員会はさんざん調べたすえに、このES細胞とあのSTAP関連細胞は酷似だからES細胞由来だと言っていたが、その調査には何の意味もなかったということである。桂調査委員会の結論が間違っている以上、第二次調査委員会を発足させて調べ直す必要があるということになる。


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    2017.07.08 Sat l STAP細胞事件 l コメント (1) トラックバック (0) l top

    コメント

    No title
    >ES細胞とこのSTAP細胞を、ゲノムのたくさんの遺伝子の遺伝子発現パターン解析をしたときに、これが混ざり物であるとか、ES細胞そのものであれば、簡単に今、それが分かるだけの研究、解析技術がありますが、

    遠藤先生もRNA-seqのSTAP細胞の遺伝子発現はESとは異なることを指摘していたはずですが。
    胚様体まで分化させたものに近いとおっしゃっていませんでしたか?
    確かに「ES細胞そのもの」ではなかったかもしれませんね。
    2017.07.10 Mon l アリエッティ. URL l 編集

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