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    理研がSTAP関連細胞株の調査結果を「STAP cells are derived from ES cells」という題でNatureのBRIEF COMMUNICATION ARISINGに掲載しているが、その中に、STAP細胞関連株のSNPパターン表がある。

    公開データーベースに登録されたSTAP細胞は129系とB6系を掛け合わせた雑種マウスの細胞であったが、2012年4月に若山氏が同じ129系とB6系で受精卵ES細胞を作成している。その一つが小保方研で保存されていた129B6F1 GFP ES-6で、そのDNAのSNPパターンが次のように解析されている。こちらは、mRNAではなく直接、DNAを調べたものである。

    129B6F1GFPES6.png

    この図で分かるように、各染色体は完全な129/B6の組み合わせではない。ところどころB6ホモや129ホモの組み合わせがある。この傾向は図aをみて分かるように、STAP Chip-seq control(STAP細胞)やAC129-1(129B6F1のSTAP幹細胞)やFLS3でも同様である。これは図aの下から2番目の129-cag GFP mouseのSNPパターンで分かるように、129系マウスの一部がB6ホモで汚染されているからだ。

    一方、遠藤氏も論文の図S2に全染色体の解析結果を公開している。CD45陽性細胞とSTAP細胞が1つのグラフにまとめられており、縦軸の単位が変更されているが、グラフの形に違いはなく、B6の構成比を表したものだ。

    この理研の調査結果と遠藤氏の解析結果を各染色体ごとに比べてみると、両者は一致していない。

    まず、問題の8番染色体だが、一部にB6ホモの部分があるので、トリソミーでもB6のピークは33%にはならず、その分、50%よりにピークがくるはずである。

    8番染色体

    特に19番染色体は理研の調査では8割程度がB6ホモである。129/B6の部分は残りの2割しかないので、129系の比率は全体の1割しかないことになる。このため、遠藤解析が正しければグラフのピークは90%付近にはっきりと表れたはずである。しかし、それが全くそうなっていない。

    19番染色体


    18番染色体でも同様で、B6ホモの部分が多いのに、STAP rep2のピークはむしろ反対側の129系よりにある。

    18番染色体

    以上のことから、遠藤氏の用いた手法は鼻から解析には使えないものだったのかも知れない。もしくは方法は正しかったが、何らかの解析ミスがあったのかも知れない。いずれにせよ、その解析を持って8番染色体がトリソミーだとは言えないのである。



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    2016.08.09 Tue l STAP細胞事件 l コメント (1) トラックバック (0) l top

    コメント

    No title
    遠藤さんが言ったアクロシンのプライマーの件が、未だによく分かりません。
    若山さんは違っていた事に気付かなかったのでしょうか。
    2016.08.10 Wed l KK. URL l 編集

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