上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
    新しい記事を書く事で広告が消せます。
    --.--.-- -- l スポンサー広告 l top
    遠藤氏が「Genes to Cells」に投稿した論文のタイトルは「Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency」である。

    B6-type-allele.png

    上のグラフは論文の図3(A)の一部で、SNPよる8番染色体のB6構成比を表したものである。①のCD45+と書いているのはCD45陽性細胞、②はSTAP細胞である。CD45陽性細胞は脾臓のリンパ球からCD45陽性細胞だけを取り出したものである。CD45というのは白血球共通抗原でそれが+(陽性)になっていることで既に分化した細胞ということになる。それを酸処理したものが②のSTAP細胞である。それぞれにrep1とrep2とあるのは公開データベースにRep1とRep2の2種類が登録されているからである。その右横にある数字は調査したSNPの数を表している。

    グラフ①のCD45+細胞のピークは50%のところにあり、②のSTAP細胞は33%近くにあるので、これが8番染色体のトリソミーを表しているという主張である。

    このグラフからすると遠藤氏の解析は、mRNAからcDNAを作成し、断片化した塩基配列を次世代シーケンサで読み取ったものをゲノム領域にマッピングし、B6と129が異なるSNPをターゲットにSNP毎にそのB6タイプのリード数を数えて、構成比を算出したものだと思う。

    SNP解析

    ここで気になったのは、トリソミーだという②のSTAP細胞でピークを示すSNP数が全体の3%にも満たないことだ。あまりにも少な過ぎる。これで果たしてトリソミーだと言えるのか疑問に思ったので、129系とB6系のmRNAが同等に発現するとした遠藤氏が想定するmRNAの構成比シミュレーションプログラムをExcelのVBAで作ってみた。ロジックは以下のとおりである。

    構成比シミュレーション

    動かした結果は以下になった。論文ではカバー率20以上のSNPを使用したとなっているので、リード数は20~100の間でランダマイズしている。最大値を100としたのは①のグラフと似るように合わせたからでる。50位だとグラフがギザギザになり(それでもピーク値は6~7位である)、また大きすぎると山が高くなり過ぎて①の形から外れてしまう。トリソミーのときはmRNAは1本分多くでるのでリード数の最大値を1.5倍の150とした。

    トリソミーありなし


    結果、トリソミーがあるときは、ピークは33%付近になるが、ピーク値は9%とより高くなり、山も険しくなる。②のSTAP細胞の山が低くなだらかなのと対照的である。これはリード数が多くなるからに他ならない。このため、②のグラフがトリソミーを表すとはとても言えないと思う。

    次回は理研がDNAを直接解析したSNPパターンから、遠藤解析が何らかの間違いを犯していることを指摘しようと思う。

    関連記事
    スポンサーサイト
    2016.08.09 Tue l STAP細胞事件 l コメント (2) トラックバック (0) l top

    コメント

    承認待ちコメント
    このコメントは管理者の承認待ちです
    2016.08.11 Thu l . l 編集
    No title
    フルトリソミー8のついては、
    遠藤解析の間違い以前に、グラフの解釈からしていい加減なものであるのは、
    和モガさんのシュミレートされたトリソミーなしのグラフのように、フルトリソミーであれば33%ピークから50%に向かって急降下しているはずなのが、
    遠藤解析のグラフでは、50%に向かって緩やかな山になっていて、しかも高さもそこそこあり、つまり50%である確率も相当あると解釈すべきでしょう。
    遠藤解析のグラフから読み取れることは、とある専門家がtwitterで云っていた
    >0㌫側から100㌫側に向けてなだらかに減少したような分布になって・・・培養中に発生した変異が、細胞集団中に中途半端広まっているような状態なのか
    ということぐらいでしかないような気がする
    2016.08.09 Tue l JISAI. URL l 編集

    コメントの投稿












    トラックバック

    トラックバック URL
    http://wamoga.blog.fc2.com/tb.php/120-f09084e4
    この記事にトラックバックする(FC2ブログユーザー)
    上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。