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    小保方氏が公共データベースに登録していたSTAP細胞とFI幹細胞のデータがTs.Marker氏によって公開されたことを書いた。

    公開されたSTAP細胞(RNA-seqデータ)にはSox21というES細胞では発現しない遺伝子の発現がみられた。このSox21はTS細胞で特異的に発現する遺伝子として知られており、これでES細胞ではない細胞であることが分かった。この細胞を小保方氏らはSTAP細胞と呼んだのである。

    一方、FI幹細胞(ChIP-seqデータ)はES細胞とTS細胞の両方の特異遺伝子の発現がみられた。別のFI幹細胞のデータ(RNA-seqデータ)は2種類の細胞種からなると調査委員会は解析していたが、これについてはそのような記述はない。このFI幹細胞にはinputデータがあるので全ゲノムを調べられる。RNA-seqでも分かったのだから、別の細胞種が少しでも混ざっていればすぐ分かるはずで、従って、これは混じりっけなしの細胞種だったのである。そこからES細胞、TS細胞の特異遺伝子が発現していたとすれば、これは紛れもないFI幹細胞だったことになる。

    この2つのデータから、Sox21の発現がみられるSTAP細胞を、ある培地で培養して増殖性を持ったFI幹細胞を作ったというのは素人目にも分かる。小保方氏がSTAP細胞を作り、その細胞をもとに若山氏がFI幹細胞を作ったのは明らかだ。それ以外にこれらの事実を矛盾なく説明できるものはないだろうと思う。

    この2つのデータは小保方氏のSTAP細胞捏造疑惑を晴らすとともに若山氏への疑惑も晴らしているといえる。FI幹細胞が出来ているなら、キメラもSTAP幹細胞も作られていただろうことは容易に想像がつく。若山氏がそのために試料を捏造することはあり得ない。

    では、STAP細胞、キメラ、STAP幹細胞、FI幹細胞があったとすれば、何故、それらの細胞株が論文とは異なったのだろうか。そして、何故、その異なった細胞株と酷似のES細胞があったのかということになる。「STAP細胞事件」は論文不正といった問題ではない。ここに「STAP細胞事件」の本質が隠れているのである。この事実に注目すべきである。

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    2017.07.13 Thu l STAP細胞事件 l コメント (9) トラックバック (0) l top
    Ts.Markerブログの5月10日の記事は「STAP細胞はES細胞由来」を否定するものだったが、7月5日の記事はFI幹細胞の存在を証明するものである。

    小保方氏が登録した公共データベースにはFI幹細胞に関するデータが2種類あり、ひとつはRNA-seqデータで、もうひとつはChIP-seqデータである。

    RNA-seqデータはFI幹細胞の遺伝子の発現が分かるデータであるが、桂調査委員会はそのことには触れていない。代わりにゲノムの配列を調べ、Oct4-GFPが挿入されたB6ホモ系統にCD1(TS細胞が作られた)と思われる2種類の細胞腫を含んだサンプルだと解析している。

    このため、FI幹細胞でES細胞とTS細胞の特異遺伝子が発現したのは、ES細胞とTS細胞が混ざっていたからだとみんなは理解したのである。

    一方、もうひとつのChIP-seqデータも遺伝子の転写制御因子(H3K4me3は転写活性化因子、H3K27me3は転写抑制因子)でどの遺伝子座が発現しているかが分かるが、そのことには触れず、ゲノムの配列により129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFPの細胞種だと解析しES細胞129B6F1 ES1とほぼ同一であるとしていた。

    そこで、Ts.Marker氏は他の細胞が混ざっていないこのChIP-seqデータに目を付け、ダウンロードし解析ソフトにかけたのである。

    その結果、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したFI幹細胞のChIP-seqデータからES細胞特異遺伝子とTS細胞特異遺伝子の両方の発現を確認し、FI幹細胞の存在を証明したのである。

    FI-SC_Chip-seq2.png


    2017.07.11 Tue l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
     Ts.Marker氏のブログを久しぶりに覘いたら、とんでもないデータを載せてあった。桂調査委員会の「STAP細胞はES細胞由来」という結論が一発で吹き飛ぶデータだ。

    この記事が投稿されたのは5月10日だから、もう2ヵ月近くネットの片隅に眠っていたことになる。このまま眠らせておくわけにはいかないので、以下、勝手に解釈したものを記事にすることにした。

    Sox21.png


    このデータはSox21(ES細胞で発現するSox2とは別物)の遺伝子発現データである。三段になっているのは、上段がTS細胞、中段がSTAP細胞で下段がES細胞である。

    このデータの左に書かれた「SRR117590.bam」等を頼りに調べると、元データは遺伝子の発現量を調べるためのRNA-seqデータで、小保方氏が2013年11月5日に公共データベースに登録したものであった。TS細胞はCD1マウス、STAP細胞はOct3/4-GFPのB6×129/svマウス(この種の細胞株は論文には書かれていない)、ES細胞はB6×129/svマウスから作られていた。

    Ts.Marker氏がこの登録データをダウンロードして、遺伝子解析ソフトで画面上にマッピングしたのである。

    Sox21というのはTS細胞特異遺伝子でES細胞では発現しない。以前、遠藤論文にもFI幹細胞がTS細胞とES細胞の混ざりものであるとする論文の指標にもTS細胞特異遺伝子として使われていた。

    解析データをみるとSox21はTS細胞では発現するがES細胞ではほとんど発現していない。では、STAP細胞はというとTS細胞と同様に発現している。持ち込まれた細胞株がSox21を発現するなら、それはとりもなおさずES細胞ではないということになり、「STAP細胞はES細胞由来」を完全に否定することになる。

    Ts.Marker氏は、生前、笹井氏が記者会見で次のように話していたことを実際に見せてくれたことになる。

    ES細胞とこのSTAP細胞を、ゲノムのたくさんの遺伝子の遺伝子発現パターン解析をしたときに、これが混ざり物であるとか、ES細胞そのものであれば、簡単に今、それが分かるだけの研究、解析技術がありますが、そうしたものでは一切、説明が出来ないような違いがあります。それは、知られている細胞の何かと似てるわけではないので、STAP細胞として僕らが呼んでいるものは、今まで知られている細胞でないことだけは確かです。


             20:30秒から

    桂調査委員会はさんざん調べたすえに、このES細胞とあのSTAP関連細胞は酷似だからES細胞由来だと言っていたが、その調査には何の意味もなかったということである。桂調査委員会の結論が間違っている以上、第二次調査委員会を発足させて調べ直す必要があるということになる。


    2017.07.08 Sat l STAP細胞事件 l コメント (1) トラックバック (0) l top
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