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    STAP細胞事件ではSTAP幹細胞の遺伝子調査により、マウスの系統が違っていると分かったものに次の二つがある。

    ①FLS1~8(2012年1月31日~2月2日樹立)
     CAG-GFP(ホモ)で129B6F1マウスのはずがAcr/CAG-GFP (ヘテロ)で129B6F1マウス。
    ②AC129-1,2(2012年8月13日樹立)
     若山氏は129マウスのつもりだったが129B6F1マウス。

    ES細胞の混入を偽装する場合、対応するES細胞がないマウスでSTAP細胞を作られればアウトである。①では若山氏がKnoepfler氏のインタービューでES細胞はなかったと答えている。②の129マウスのES細胞もないだろう。従って、小保方氏に渡すマウスはES細胞が存在する別のマウスにすり替える必要があった。

    ①については大田氏がES細胞を作ったときの仔マウス(市販129マウス×Acr/CAG-GFPのB6岡部マウス)②については129B6F1ES1を作ったときの仔マウス(CAG-GFPの129マウス×CAG-GFPのB6マウス)である。このためマウスの系統が違うことになった。大田氏がES細胞を作ったときのマウスが使われたのは、CAG-GFPを持つマウスであったためだ。さもないと実験したとたんマウスが違うことが分かってしまう。

    しかし、マウスのすり替えだけではES細胞の混入偽装は出来ない。調査委員会がES細胞の混入であると結論付けるほど両者の細胞が極似になるには、本来のES細胞を、出来たSTAP幹細胞で置き換える必要がある。

    それに、同じ系統のマウスを使って何度もSTAP細胞が作られているので、これにも対処しなければならない。例えばCAG-GFP(ホモ)を持つ129B6F1マウスでは、AC129-1,2(2012年8月13日樹立)とFLS-T1,T2(2013年2月22日樹立)が作られている。これら作製時期が違う二つの幹細胞には同じ染色体異常がある。おそらく後の方が先に出来たSTAP幹細胞で置き換えられているだろう。これは混入に使われるES細胞は一種類しかないので、同じにする必要があるからである。

    これらを、調査委員会の報告書にあったSTAP関連細胞でまとめると、次のようになる。

    ①マウスのすり替え
     ・FLS1~8およびAC129-1,2
    ②ES細胞の置き換え
     ・129/GFP ES(元々ES細胞はないので、これは置き換えではない)、GOF-ESおよび129B6F1ES1
    ③STAP幹細胞の置き換え
     ・CTS-1,11~13およびFLS-T1,T2

    偽装犯がこれを行えば、調査委員会の調査結果と一致するはずである。

    小保方研の保有する試料は2014年3月18日に理研で証拠保全されている。理研は否定しているようだが、その前に、CDB研究者の有志が小保方氏が勝手に保存試料を処分出来ないように実験室のカギを付け替えたという話があった。おそらく、この段階で小保方氏のフリーザーに129/GFP ESが置かれ、保有していた試料が置き換えられているだろう。

    ここで、大田氏が京大への転出と同時に引き上げたFES1がなぜ、FLS3と同じ染色体異常を持ったのだろうか。これが、ES混入偽装を考える上で最大の謎だったが、これに関する情報を木星通信氏のTwitterで見つけ、謎が解けた。Twitterには、大田氏が作製したFES1を若山研が京大から2014年6月に取り寄せていたことが書かれている。

    若山研にあったSTAP関連細胞は2014年4月に理研から山梨大学に移管されている。このため、STAP関連細胞の調査は若山研から試料を提供してもらっていることになる。このとき、FES1も同様に提供されているだろう。そうであればFES1がFLS3と同じ染色体異常を持ったとしても不思議ではない。

    偽装犯はSTAP細胞の論文を発表させ、その後、STAP細胞をES細胞で捏造したとして潰す計画だっただろう。オホホポエムではES細胞の混入があったことを匂わせている。これは前振りで、最終的には報告書P29に書かれているこの内容(※1)をリークするつもりでいたのではないだろうか。

    STAP幹細胞FLSから作製した4Nキメラを戻し交配して得た子にGFPを含まないマウスが含まれていた。このことは、STAPFLS幹細胞FLSを作成したマウスは129(CAG-GFPホモ)とB6(CAG-GFPホモ)を交配したF1であるとの、若山氏の認識と矛盾する結果だが、若山氏と小保方氏はこの矛盾について、それ以上の追求をしなかった。

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    2015.08.17 Mon l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    調査委員会の報告書P3にあるSTAP関連細胞の一覧表をあらためてみてほしい。STAP幹細胞・FI幹細胞と混入したとされるES細胞をそれぞれ色の付いたラインで結んである。

    STAP関連細胞株

    STAP細胞に混入したとされる全てのES細胞(⑥、⑦、⑧、⑨)には染色体異常がある。混入に関係しないもの(⑩、⑪、⑫)には異常がない。これは有意な現象だと思われる。

    この染色体異常についてFLS3、CTS-1、129/GFP ES、FES1の場合は報告書P6に次のように書かれている。

    STAP 関連 11 細胞株の全ゲノム解析から、第 3 染色体の 5kb の欠失と第 8染色体の 17kbの欠失(第8染色体は129系統由来;第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが判明した。この2箇所の欠失は、STAP 幹細胞 FLS および FI 幹細胞 CTS の全ての株にも共通に存在することがPCR産物の塩基配列決定により確認された。

    ①、②、⑧、⑨の「特徴的な欠失等」欄に「Chr3/8」と書かれているのがこれにあたる。調査委員会の調べでは元々の129系、B6系マウスに染色体異常はなく、2010年のAcr-GFP/CAG-GFPマウスにも異常はなかった。従って、本来の129B6F1マウスを使ってSTAP細胞を作ったら、染色体異常にはならないはずである。ところが、2005年のFES1のES細胞にはこの染色体異常があるので、STAP細胞はこのFES1由来のES細胞を混入して作られたという理屈である。この染色体の欠失状況の一致が調査委員会の結論をES細胞混入説に導いたのである。

    以前のエントリーで129/GFP ESはFLS3より後に作られており、129/GFP ESはSTAP幹細胞だと書いたが、この染色体異常はSTAP細胞特有の現象ではないかと思う。

    細胞を酸処理すると80%が死んでしまうので細胞にとっては相当なストレスである。生き残ったSTAP細胞が全く無傷だとは思えない。従って、染色体異常はSTAP細胞を作る際のストレスで起きたもので、STAP細胞にChr3/8の欠失ができ、そのためにSTAP幹細胞、FLS3と129/GFP ESが欠失を持ったと思われる。

    特に③、⑥の「X染色体+X染色体断片」と書かれた染色体異常は、はじめの遺伝子調査で、メスのマウスだったのに、オスと間違えてしまったほどの大きな構造異常であった。この構造異常はGLS1~13の元のSTAP細胞が、酸処理のストレスで出来たもので、元々の小保方氏に渡されたGOF-ESにはなかったのではないか。このES細胞、GOF-ESが同じ染色体異常を持つのはGOF-ESがSTAP幹細胞GLSから作られたからだろう。

    FES1も同じ欠失を持つが同じ日に作られたFES2に欠失はない。おそらく、本来のFES1にも欠失はなかったものと思う。FES1が同じ欠失を持つ理由については少し面倒になるので、また別の機会に書こうと思う。違う時期に作られた幹細胞①と②、④と⑤が同じ染色体異常を持つ理由もそれと関係があると思う。

    ES細胞の混入を偽装をするには、ES細胞をSTAP幹細胞と極似にしなければならない。STAP細胞は1週齢の実マウスから作るので、同じ系統のマウスを使っても、作製時期の異なる受精卵や核移植で作ったES細胞とは違いができる。遺伝子調査で培養変異以上の違いが出ればアウトである。そのため、酷似にするにはES細胞のすり替えが必要となる。小保方氏のフリーザーに129/GFP ESがこっそり置かれたとき、小保方氏のGOF-ESもまたすり替えられたのだと思う。

    受精卵でも核移植でも既に確立されているES細胞の作製では染色体異常にはならないのではないだろうか。これら混入したとされるES細胞が軒並み染色体異常を起こしているのは、STAP幹細胞から逆にES細胞が作られているというES細胞の混入偽装説を裏付けているように思う。



    2015.08.12 Wed l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    「STAP細胞はES細胞の混入により作られた」は細胞株の調査でSTAP幹細胞(FI幹細胞含む)と酷似のES細胞があったためだ。そして混入行為者の特定につながる証拠は得られず、故意か過失かは判断できなかったと調査委員会は結論付けている。

    調査委員会はSTAP細胞は「全て」ES細胞を混入させて作ったと言っているので、ES細胞を混入し忘れたとか混入がなかった瞬間にSTAP細胞は誕生することになる。ここで、委員会が調べたSTAP幹細胞、FI幹細胞は全部で5種類、28株あるが実際にはもっと多い。

    若山氏が2013年4月に実験室を山梨大学に移した際のSTAP関連細胞株の移管書が木星通信氏によって公開されている。それによると9種類、44株もある。調査委員会はこれらのSTAP関連細胞は漏れなくES細胞の混入であると言っているわけだ。

    2011年11月から2013年2月までの長期にわたって多くのSTAP細胞にもれなくES細胞を混入させる機会をもつのは小保方氏か若山氏しかいない。第三者には無理で、また偶然には起こり得ないことは明らかだ。ここでSTAP細胞を作っていたのは小保方氏なので当然、小保方氏が混入させたということになる。

    STAP幹細胞とFI幹細胞の種類


    そして、何事にも最初がある。STAP細胞が初めて作られたときもES細胞が混入していなければならない。誰も見たこともない新種の細胞を、一体誰がES細胞を混入して「STAP細胞を作った」と言うだろうか。その動機を持つ者は小保方氏をおいて他にはない。

    「STAP細胞はES細胞の混入である」という結論であれば「STAP細胞は動機とその機会を持っていた小保方氏がES細胞を故意に混入させて作った」と言う以外はないのである。

    ここで、調査委員会の報告書P25には次のような驚くべき内容がさらりと書かれている。

    なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡されたマウスの遺伝的背景を把握していなかったこと、また、若山氏から(Oct4-GFPを有する)GOFマウスを渡されたものと思っていたことが明らかになった。

    ①小保方氏は渡されたマウスの種類を知らなかった
    ②小保方氏は渡されたマウスを別種マウスだと誤認していた

    小保方氏は若山氏から生後1週齢のマウスを受け取り、そのマウスの体細胞を取り出して酸処理し、出来たSTAP細胞を若山氏に渡していた。若山氏はそのSTAP細胞からSTAP幹細胞、FI幹細胞、キメラマウスを作っていたのである。

    ES細胞を混入させようとすれば、渡されたマウスがどんなマウスかを知らなければならない。①で小保方氏がそれに無頓着だったのはES細胞を混入させて作っていたのではなく、渡されたマウスから実際にSTAP細胞を作っていたからということになる。

    また、②は調査報告書の「論文の図表や本文等に関する疑義の調査」の項目の中に出てきたもので、論文のOct4-GFPの挿入を持つとされたFI幹細胞の図について調べたものである。調査委員会はこのFI幹細胞を129B6F1マウス(※1)から作られたFI幹細胞だったと書いている。このとき、若山氏から渡されたこのマウスを小保方氏はOct4-GFP(※2)を有するGOFマウス(※3)だと思っていたのである。

    小保方氏がGOFマウスと思っていたなら、既にこの種のES細胞をコントロール用として手に入れているので、混入させるなら迷わず、このGOF-ESを使うはずである。そうすれば実際に出来たFI幹細胞も論文通りのものになっていた。

    小保方氏には動機が考えられ、若山氏からGOFマウスを渡された(小保方氏の誤認)という機会があり、かつGOF-ESという手段を持っているのにかかわらず、そこから作ったSTAP細胞はAcr/CAG-GFP(※4)を有する129B6F1由来だったのである。これをみれば小保方氏がES細胞を混入させSTAP細胞を作ろうという気はさらさらなかったことは明らかである。このことから、ES細胞混入の唯一の容疑者、小保方氏はシロとなり、ES細胞の混入者は誰もいなくなる。これは、とりもなおさず、STAP細胞はあったということだ。

    実際に作られたSTAP幹細胞が論文と違うのは別種のES細胞が混入したからとされている。しかし、マウスがすり替えられSTAP細胞が作られていたら結果は同じである。もっとも、委員会の調査でSTAP幹細胞とES細胞が遺伝子の欠失状況等、酷似だったのは別の理由があるのだが。

    混入したとされるES細胞が作者不詳で、それについては関係者全員が知らないと言っているように、この事件は単純な「ES細胞混入事件」ではない。「STAP細胞がES細胞の混入によって作られたかのように偽装された事件」である。STAP細胞を潰すため、周到に用意されており、それに皆がやすやすと騙されて今日に至っているのである。

    2015.08.10 Mon l STAP細胞事件 l コメント (2) トラックバック (0) l top
    STAP細胞事件に関する理研の内部情報を論文発表直後から2チャンネルにポエムの形で暴露している書込みがあるのは知られていた。このオホホポエムと呼ばれる書込みの存在を知らなかったら、あるいはSTAP細胞事件を調べる気にはならなかったかも知れない。ES細胞の混入を否定する3人の研究者と小保方氏のフリーザーの中から見つかった129/GFP ESが作者不詳であったのと、このオホホポエムの存在が結び付いてしまった。

    STAP論文が発表されてから書かれたオホホポエムは30コメント以上あるようだが、その中には以下のようなものがある。


    161 名前:名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日:2014/02/08(土) 16:08:14.90
    っていうか、何でみんな私を信じてくれないのかとってもイラついたわ。
    レビュワーが罵倒してくれたおかげで、エディターさんがこうすればい
    いよって、優しくおしえてくれた実験があったんだけど意味がよくわか
    らなかったの。で、お友達におねがいしていろいろやってもらったの。
    そしたら合格できたの。あと胃は酸だけど大丈夫っておしえてあげた。
    マーロックス飲ませたでしょっていわれたけどobota胃酸です。


    あのエディターさんが笑いながらインタビューではにんじんをきってて
    ひらめいたの?なんていわれたけどofuroよっていってみたらほほえん
    でくれました。ホンとはトカゲの尻尾きってカメさんにあげてたの。
    だって無限に再生してくるし。


    みんなも149番みたいにけちなこと言わないで優しくおしえてね。



    318 名前:名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日:2014/02/15(土) 16:19:20.50
    オホホ細胞は増殖しないからあげられないの、じゃ先生が許してくれなかったから
    ステム化することにしたの。ESを同じプレートで培養中だったんだけどいい子の
    スッポンに餌をあげる時間になって・・・。ごめんね。
    fgfトロホブラストはやっぱり同じプレートで培養中にムーミンとスナフキン
    が手をつないであるきだしたから・・・。
    ごめんね。




    404 名前:名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日:2014/02/24(月) 02:00:24.69
    理研ってセルバンク運営しているのね。
    昔、細胞株を樹立することが偉かった時代、同じようなことがあったわ。
    いつも、培養条件に問題がないか確認するためのコントロールの細胞株
    を外国のラボから分与してもらって維持している傍らで、新規の初代培
    養をやるわけ。で、日本人から取った細胞株を樹立して私ってすごいで
    しょってなるわけ。で、世界中に私の樹立した細胞がひろまって日本発
    の科学に貢献したってことで表彰されたり。20年後、SNP解析で私の作
    った細胞株は日本人男性じゃなくてコントロール細胞の外国人女性の核
    型とばれてしまい、空白の20年間が世界中にばらまかれていたとわかっ
    たのは、本当にごめんなさい。
    マウスも脱走してよく同じラックの違うところに紛れたるするのも内緒。




    712 名前:名無しゲノムのクローンさん[] 投稿日:2014/03/01(土) 00:21:55.05
    チャンピン亀さんには内緒の先生がつぶやいた話。オス由来のES細胞をインジェク
    ションしたらキメラでESが寄与した組織はY染色体を持つの。酢風呂細胞はオ
    スとメスから作ってるので、メスのキメラでY染色体が検出できるはずなんだ
    けど、まあいっか。テルテルボウズ明日天気になーれってつぶやいてたの。
    それを聞いて私も、明日もう一日がんばるってつぶやいたら、先生、よーし、
    TCRがんばるかーって。いっぱいT細胞ゲノムテンプレートがキメラマウスバイオ
    プシーサンプルのまわりに転がってたのは内緒。
    赤のフィルターは自家蛍光を確認するために使ってて、細胞がない視野だったん
    だけど、なんかうつってたかなぁ。
    細胞がある視野は、セキ鯖先生が再現してしまったけど鯖さんももう彼女だもん。


    ネイチャー論文が掲載されたのは2014年1月30日で、2月と言えば論文の胎盤画像の流用と電気泳動の画像の切り貼りに対する疑義が問題になったばかりで、その後、博士論文の画像の使い回しが指摘されたのが3月9日である。世の中が論文の画像を話題にしていたとき、オホホポエムは既にSTAP騒動の核心を突いたコメントを残していた。

    2月8日の①コメント、2月15日の②コメントではES細胞の混入(TS細胞混入も?)が示唆され、2月24日の③にはマウスの混入の指摘があり、3月1日の④では自家蛍光の話をコメントしている。さすがに8番染色体のトリソミーの話はないが、全てがのちに大きな問題とされていくものばかりで、このオホホポエムが口火を切ったとも言える。2月8日の①のコメントは最初のコメントだと思われるが、この「obota胃酸」が大田ES細胞(FES1)を暗示しているとの指摘もあった。

    2014年6月16日に、発生・再生科学総合研究センターが保全されている STAP 関連細胞株に関する検証を発表した直後の6月18日の⑤のコメントでは盗まれたES細胞があることが暴露され、最後の一行は「小保方~地獄の底はまだまだ深いぜwww」である。
    投稿者はさらなる一手を打つつもりだったのだろうか。



    810 :名無しゲノムのクローンさん:2014/06/18(水) 08:24:02.20
    世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様。
    竹市は本件をここまで深刻にした張本人です。
    CDBの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり
    もうホント馬鹿じゃないかと。
    で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。CDBは5月末になってやっと細胞の調査を始めた
    けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のESが同定www
    もっと早くやってればCDBこんなことにならなくて済んだんだよ。氏ねって感じ。

    小保方が引っ越しのどさくさに若山の所から盗んだ細胞が箱ごと発見されたことも公表しろよ。
    丹羽のTSもたくさん出てきただろ。

    相澤も小保方さんを励ましてあげようなんて言ってるんじゃねーよ。お前、監視役として検証チームを
    組織したんじゃなかったのか?陰でこそこそ再現実験させてどうするつもりだ?また手品か?

    小保方~地獄の底はまだまだ深いぜwww


    さて、調査委員会の「STAP細胞がES細胞の混入である」という結論は近縁率表のデータから間違いだと書いたが実は、調査報告書の中には「ES細胞の混入はありえない」という、もうひとつの状況証拠も書かれている。次回はそのことについて書こうと思う。



    2015.08.07 Fri l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
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