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    ES細胞、129/GFP ESは混入したのではなく、STAP幹細胞、FLS3より後に作られていると書いたが、このES細胞について「桂調査委員会」は報告書P14で次のように書いている。

    「しかし、CDB 若山研が終了した後に小保方研のフリーザーに残っていた「129/GFP ES」と書かれた試料が見つかった。この試料はゲノム解析により ES 細胞 FES1 とほぼ同一であることが判明したが、この試料については、調査委員会の質問に対し、小保方氏、若山氏をはじめ、CDB 若山研メンバーは全く知らないという回答であった。したがって、ES 細胞 FES1 がどのようにして STAP 細胞等の作製時に混入したのかは、謎のまま残った。」

    さて、ここで元のES細胞、FES1は若山研に在籍した大田氏が2003年、若山研が導入した岡部マウスを使って樹立したES細胞で2005年12月7日に凍結したものである。このFES1についても調査がなされ、同じく報告書P14には次のように書かれている。

    「ES 細胞混入のもう 1 つの謎は、ES 細胞 FES1 がどのようにして STAP 細胞研究時のCDB 若山研に存在したかである。ES 細胞 FES1 は 2005 年に当時の CDB 若山研メンバーによって樹立されたが、その後、研究に使わず、2010 年 3 月(CDB 若山研で STAP 研究が始まる前)に転出した時に ES 細胞 FES1 の凍結保存試料を全部持ち出して CDB 若山研には残さなかったとされている。当時の CDB 若山研メンバーへの質問状と聞き取り調査、および関係者の実験ノートの調査でも、当該メンバー以外に ES 細胞 FES1 を使用した者は見つからなかった。」

    つまり、小保方氏が着任する1年前にこのFES1は持ち出されており、STAP幹細胞、FLS3に対応するES細胞は若山研には無かったのである。若山氏もKnoepfler氏に「129B6GFPマウスからSTAP幹細胞を樹立したときは、その種のES細胞株を持っていませんでした。」と答えていることからも、これは裏付けられている。

    それが、忽然と小保方研のフリーザーから「129/GFP ES」というラベルが貼られて見つかったのである。

    ここで、
    ①ES細胞、129/GFP ESはSTAP幹細胞、FLS3の後で作られている。
    ②元になるES細胞、FES1は1年前に引き上げられており、若山研にはない。
    ③遺伝的背景はFLS3と129/GFP ESは酷似である。

    これらを無理なく説明するとすれば、「129/GFP ESはES細胞ではなく、STAP幹細胞、FLS3から培養して作られたSTAP幹細胞である。」しかない。

    STAP細胞は大きさがES細胞の1/2しかなく見た目で判断がつくが、STAP幹細胞になるとES細胞様になるという。このFLS3がどうしてFES1と同じになったかについては、少し複雑なので別途、まとめて解説するつもりだが、これが小保方研で作者不詳で見つかったのは、小保方氏がES細胞を混入してSTAP細胞を作ったと言わんがため、悪意ある第三者によって置かれたということしか考えられない。次回は小保方氏に敵意を持つ第三者の存在について書こうと思う。

    STAP関連細胞年表

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    2015.07.22 Wed l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    桂調査委員会の「調査結果報告」というスライド資料の11ページに表題「FLS3、CTS1、129/GFP ESはFES2よりFES1により近縁である」と書かれている近縁率表がある。

    この近縁率表はSTAP幹細胞、FLS3(FLS1~8のうちの一つ)とFI幹細胞、CTS1(=CTS-1)と小保方研で見つかった129/GFP ESが2つのES細胞、FES1とFES2のどちらに近いかを示した表である。

    ここでまず次のことを理解しておく必要がある。
    ・マウスのDNAの2本鎖を繋ぐ塩基対は約30億塩基対あり、塩基対はA-T、T-A、G-C、C-Gの4パターンある。
    ・塩基対にはマウスの1%以上(突然変異ではないことになる)に通常の塩基対とは異なる塩基対が見られる箇所があり、それらをSNPs(一塩基多型)と呼ぶ。
    ・マウスには約300万のSNPsが存在し、そのSNPsを調べればマウス系統の違いなど個体差を知ることができる。

    そして、この表は以下のことを示したものである。
    ・FES1とFES2のSNPsをそれぞれ突き合わせると両者で異なるSNPsが24,649塩基対見つかった。この異なるSNPsはおおよそ、一方が通常の塩基対でもう一方が変異した塩基対であるということができる。
    ・そこで、FES1、FES2に対してFLS3、CTS1、129/GFP ESのそのSNPsがそれぞれどうなっているかを調べ、近縁率(一致率)として表にした。

    近縁率

    この表で、横軸3番目のFES1と右端の縦軸の129/GFP ESの交差する位置に③99.28%と書かれている数字がある。この数字の意味は、FES1の10,000個のSNPsのうち9,928個の塩基対が129/GFP ESの塩基対と一致し、72個が一致しなかったことを表している(逆もまた言える)。ES細胞を培養すると細胞分裂を起こし、塩基対に変異が起こることが知られている(培養変異)ので、ざっくり言うと、FES1のES細胞で通常の塩基対となっているSNPsの部分の72個が、培養変異により、特異な塩基対へと変異したと考えることができる。

    ここで、桂調査委員会の結論ではES細胞、FES1(2005年12月凍結)が小保方研に129/GFP ES(作成日不明)として残り、これが混入してSTAP幹細胞、FLS3(2012年2月)と書かれたES細胞になったということになる。これらを時間軸にして、図に表すと以下のようになる。

    桂調査委員会の矛盾

    FES1から129/GFP ESが作られ、129/GFP ESの混入でSTAP細胞が作られ、培養によりSTAP幹細胞、FLS3が出来たのであれば、FES1からみて当然、近縁率は129/GFP ESより下がるはずである。これが129/GFP ESより上がっているのはFES1→129/GFP ES→FLS3の流れではないからで、実際にはFES1→FLS3→129/GFP ESの流れであったためだ。すなわち、STAP幹細胞、FLS3が作られたときは、それに相当するES細胞はなく、FLS3はES細胞の混入なく作られたことをこの近縁率表は示している。

    このES細胞はSTAP細胞が出来た後に作られ、それが作成日不明、作者不詳の形で盗まれたとする小保方研の冷凍庫から見つかったことになる。

    ES細胞の混入はない





    2015.07.22 Wed l STAP細胞事件 l コメント (1) トラックバック (0) l top
    「桂調査委員会」の報告書で調査したとされるSTAP細胞関連株は下の表の12種類である。参考資料P67をみると実際には15種類、調べられているが、ここでは12種類しか表に出ていない。これはあやしいと思うのだが、それはさて置く。「桂調査委員会」が「STAP細胞はES細胞の混入である。」としているのであれば、最低限、以下の根拠を示す必要がある。

    (1)STAP細胞とES細胞において遺伝子情報が一致する。
    →STAP細胞は増殖能力が低くすぐに死滅してしまうのでSTAP細胞自体の試料は残っていない。STAP細胞を特殊な培養液で増殖能力を持たせたSTAP幹細胞、FI幹細胞(STAP細胞から作られる幹細胞の別種)の試料があり、それと比べて遺伝的に酷似でなければならない。
    (2)STAP幹細胞、FI幹細胞よりもES細胞の方が先に作られている。
    →これは混入する(させる)のであるから当然である。

    STAP関連細胞株

    ここで、表の①~⑧までが小保方研もしくは若山研にあった試料で⑨~⑫までは他の研究室からわざわざ取り寄せて調べたものである。

    この表で、各STAP幹細胞、FI幹細胞とGFPタイプ(ある条件のもとで緑色に光る遺伝子タイプ)、性別、遺伝的背景、特徴的な欠失等(Chr3/8は第3染色体/第8染色体を表す)が同じであるES細胞が存在することが分かる(色分けされた線で繋いである)。従って(1)は証明されているように思える。しかし、(2)についてオレンジ色のラインの関係をみてほしい。⑨はもともと研究室にはなかったES細胞なので除外すると⑧の作成日は不明である。このため、⑧がSTAP幹細胞①、FI幹細胞②より先に作られたどうかは不明で、⑧が混入したとは言えないのである。ES細胞の混入だというなら、少なくとも⑧が①より先に作られていることを科学的に証明しておく必要があった。しかし、その手順を踏まず、「桂調査委員会」はES細胞の混入だと言っているのである。

    この⑧の129/GFP ESは小保方研のフリーザーから見つかったES細胞で、小保方氏が盗んだというES細胞の一つである。これについては作者不詳で小保方氏はじめ若山研の関係者は皆、知らないといっており、存在すること自体、あやしい細胞である。次回は、この⑧が①のSTAP幹細胞が出来た後に作成されており、従って、ES細胞の混入は起こっていないことを示そうと思う。


    2015.07.22 Wed l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
    STAP騒動が持ち上がったとき、一つの細胞が個体の全遺伝子情報を持つ以上、ある刺激で細胞が万能細胞になったとしても不思議ではないと考えていた。STAP論文の共著者3人は当然、その存在を確信しているようだった。STAP細胞を見たことのない者が自家蛍光(※1)とか、トリソミー(※2)とか、ES細胞の混入(※3)とか、いろいろ否定的な意見を並べていたが、そんな外野の声より、実際にSTAP細胞を見たという、一流の研究者の話を信じていた。

    ・若山氏 2014年2月アメリカの幹細胞生物学者Knoepfler氏のインタビュー記事
    「私はSTAP細胞からSTAP幹細胞を複数回、樹立していますので、その度にES細胞が混入するとは考えにくいです。さらに、129B6GFPマウスからSTAP幹細胞を樹立したときは、その種のES細胞株を持っていませんでした。また、全体のmRNA発現データはSTAP幹細胞がES細胞ではないことを示唆しています。」

    ・丹羽氏 2014年4月7日記者会見での発言
    「小保方さん自身がリンパ球採取からSTAP細胞までの一連の流れというのを、もちろん自分の目で確認をしています。何回ありましたかね。3回とかでしょうか。そこがプロトコールエクスチェンジを書くにあたって逐一、手順を確認する必要がありましたので、そういう作業を行いました。」(34:50~)




    「少なくとも今、私が知る範囲の知見を持ってすると、そういう仮説(ES細胞/TS細胞混入)が真である確率は低いのではないかという位置づけです。こういう答えがない状態でこれまで恐らくES細胞のコンタミ(混入)だという話だけで一部、かたをつけようかというような話もあったと思うんですが、専門家の判断からすると、そんな簡単なものではないのではないですかということを今日、申し上げたわけです。」(0:00~)




    ・笹井氏 2014年4月16日記者会見での発言
    「STAP現象という方が正しいと思うんですが、体細胞から外部刺激によってリプログラミングがされて多能性を持つという現象、この現象をもしも存在しないと思っていたら共著者には加わってなかったと思います。・・・ES細胞の混入などは論文を書く前から、当然、研究者としては常に、真っ先に考えるようなことのひとつですので、それは論文を出す前から、それでは説明が出来ないということを何度も確認はしております。・・・例えば、内部細胞塊の初期の細胞を小保方さんが取ってきてSTAP細胞だと言って入れたということは、細胞のサイズの大きさが極端に違うことから世界の若山さんが間違えるわけはない。そういう風なことをひとつひとつ考えていく中で、その反証仮説として非常に私の中で説得力の高いものは、現在のところは見出していません。」(5:35~)




    しかし、若山氏は2014年3月を境にその発言を翻し、笹井氏は自殺をしてしまった。小保方氏、丹羽氏グループの両者によるSTAP現象の再現も成功せず(部分的には成功している)、STAP論文を調査していた「研究論文に関する調査委員会」(以下、「桂調査委員会」)は2014年12月25日、報告書を提出し、調査を終えた。この報告書の30ページにはSTAP細胞について次のように書かれてある。

    「第一は、本調査により、STAP 細胞が多能性を持つというこの論文の主な結論が否定された問題である。その証拠となるべき STAP 幹細胞、FI 幹細胞、キメラ、テラトーマは、すべて ES 細胞の混入に由来する、あるいはそれで説明できることが科学的な証拠で明らかになった。STAP 論文は、ほぼすべて否定されたと考えて良い。これだけ多くの ES 細胞の混入があると、過失というより誰かが故意に混入した疑いを拭えないが、残念ながら、本調査では十分な証拠をもって不正行為があったという結論を出すまでには至らなかった。これは、本調査委員会の能力と権限の限界でもあると考える。」

    「桂調査委員会」の結論は、以下の2つである。
    ①STAP細胞はES細胞の混入である。
    ②誰が混入させたか、また、過失か故意かは分からない。

    ②は意外に思った人も多いと思うが①については予想通りの結論であり、世間的にはこれがすんなり受け入れられてしまった。

    この調査では残存する試料のゲノム解析やSTAP 論文において用いられたNGS(次世代シーケンサー )塩基配列データの解析を行っていて、報告も専門的で、素人には手が出しにくい。また、科学コミュニティからも異議が上がっていないが、共著者が混入を否定した根拠に報告書は何も答えていないことから、やはり、ES細胞の混入という証拠はないのではないかと思い、報告書を少しずつ読み解いていった。

    案の定、報告書にはES細胞の混入という証拠はない。あるのはSTAP幹細胞と酷似したES細胞が存在するという証拠だけである。そしてSTAP幹細胞の中にはES細胞の混入なく作られたと思われるデータもある。ES細胞の混入などという単純な事件ではないということだ。いつもながら、世間が認識している事件とは全く違う事件の様相になったが、それを根拠を示しながら書いていこうと思う。

    参考に「STAP細胞事件年表」を掲載しておく。

    STAP細胞事件年表




    2015.07.22 Wed l STAP細胞事件 l コメント (0) トラックバック (0) l top
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